1、李自成用人不当。
李自成身边仅有牛金星，宋献策，李岩三人，他们有点能力，但因为争权夺利，理念冲突而各自为战，互相排挤，没有完全发挥出整体效能，先看牛金星，作为大顺政权建立后的丞相，他曾经用少刑杀，赈饥民，收人心的政策帮助李自成收买人心，提高了实力。
但他为人好大喜功，追求奢侈排场，在李自成兵败之时，还固执地坚持让他在北京正式登基再逃亡，他嫉贤妒能，先是诬陷李岩使其被冤杀，后又逼走宋献策，让李自成成了孤家寡人，宋献策被李自成册封的官职是开国大军师，和牛金星相比。
他虽然为人更加正直，但李自成兵败后他转而支持李岩，而李岩被陷害而死后，他便不知所踪，李岩是李自成手下的得力干将，他勤勉勇猛，文武双全，但随着功绩和声望的扩大，李自成对他十分猜忌，最终将其害死，用人不当，是李自成的第一大败笔。
2、李自成自身行为的不当。
随着时间的推移，李自成因攻破北京而骄傲自满，又本就军纪涣散的义军便开始逐渐不受控制，开始欺压城中百姓，据当时目击者的文献记载，当时北京城内“杀人无虚日，大抵兵丁掠抢民财者也。”
农民们之所以支持李自成，无非是因为他承诺将会建立一个不当差，不纳粮的美好社会，但如今百姓遭难，李自成的威望自然是大打折扣，在占领北京前，李自成对帐下谋士十分尊重，对他们的意见言听计从，所以，在李岩、宋献策等人的帮助下。
他的势力越来越大，并且取得了一连串的胜果，而李自成攻进北京后，却像变了个人似的，对曾经仰仗的功臣不再重用，所宠信的只有善于迎合上意的牛金星，正直但不擅长溜须拍马的宋献策、李岩虽有良策却不被采纳。
李自成是被谁灭亡的?
被满清的多尔衮。
顺治元年（1644年）四月二十一日，李自成与山海关总兵吴三桂进行一片石战役。战至四月二十二日，吴军渐渐顶不住了
吴三桂不得已投降了清朝的摄政王多尔衮，两人联手打败了李自成，李自成的主将刘宗敏受伤，急令撤退。四月二十六日，李自成逃回北京城，只剩下了三万多人，四月二十九日，李自成在北京称帝，并且怒杀了吴三桂家大小34口，第二天逃往西安。
顺治二年（1645年）三月，李自成的部队逼走南明将领左良玉，占领了武昌城，李自成计划乘舟东下，夺取东南作为抗清基地。
但大顺军尚未准备充分，清军分水陆两路突然袭来，李自成仓促弃武昌向东南进发。顺治二年（1645年）5月17日，在湖北通城县九宫山遭村民误杀。